Fue un 25 de marzo pero del año 1409 cuando dio inicio el Concilio de Pisa, cuyo objetivo era resolver la situación de contar con 2 papas al mismo tiempo
De hecho, en esta una reunión ecuménica no reconocida por la Iglesia Católica Romana hace 615 años, había 2 papas y se intentó elegir un tercero, Alejandro Quinto
Los cardenales de los pontífices estaban muy descontentos, unos por la pusilanimidad y el nepotismo de Gregorio XII, y otros por la obstinación de Benedicto XIII. Como método para resolver el diferendo se optó por celebrar un concilio ecuménico, como ya había recomendado al principio del cisma el rey francés Carlos V.
También había sido pedido por varios consejos, por las ciudades de Gante y Florencia, por la Universidad de Oxford y la Universidad de París, además de renombrados doctores. Animados por ello y la disposición de Carlos VI y la Universidad de París, 4 miembros del Sacro Colegio de Aviñón fueron a Livorno y se hablaron con 9 cardenales de Roma.
Una vez allí buscaron la unión de la Iglesia, pero el 2 y el 5 de julio de 1408 una carta convocó a un consejo general en Pisa el 25 de marzo de 1409. Para oponerse, Benedicto XIII convocó un consejo en Perpiñán mientras Gregorio XII reunió otro en Aquilea, que no tuvieron demasiado poder de convocatoria, y el Concilio de Pisa cobró importancia.
Durante la Anunciación, 4 patriarcas, 22 cardenales y 80 obispos se reunieron en la Catedral de Pisa. Entre el clero, hubo representantes de 100 obispos ausentes y de 87 abades con los poderes de los que no podían ir a Pisa, 41 priores y generales de órdenes religiosas y 300 doctores en teología o derecho canónico. Los embajadores de todos los reinos cristianos completaron la asamblea. Dos cardenales diáconos, dos obispos y dos notarios se acercaron a las puertas de la iglesia y de un grito en latín apelaron a los Papas rivales a salir.
Nadie respondió, y preguntaron si alguien había sido designado para representarlos, pero tampoco hubo respuesta, por lo que los solicitaron que Gregorio y Benedicto fuesen declarados culpables de contumacia.
Por tres días consecutivos se repitió esta ceremonia mientras se escuchaban los testimonios contra los demandantes.
Carlo Malatesta, Príncipe de Rímini mostró a Gregorio como orador, político y caballero, pero fracasó y Benedicto rechazó asistir al concilio, Hubo unanimidad entre los 500 miembros durante junio, y cuando la demanda de la condena contra Benedicto y Gregorio se hizo efectiva, los padres de Pisa devolvieron la sentencia en una acción sin precedentes en la historia de la Iglesia.
El Patriarca de Alejandría, Simon de Cramaud, dirigió una carta llamada: "Benedicto XIII y Gregorio XII", donde dijo que eran herejes, culpables de perjurio, violación de las promesas solemnes y culpables de escandalizar la Iglesia universal. En consecuencia, fueron declarados indignos del Pontificado Soberano y depuestos de sus funciones y dignidades.
El 15 de junio los cardenales reunidos en cónclave de 11 días en el Palacio Arzobispal de Pisa para elegir un nuevo Papa, lograron el 26 de junio de 1409 en votación unánime nombrar al Cardenal Pedro Philarghi, Papa Alejandro V.
