Desde la segunda mitad de la década de los 80, la salud de Raphael se vio afectada por una Hepatitis B agravada por consumo de alcohol, y a principios del 2000 su salud se deterioró rápidamente, hasta que en abril de 2003 recibió trasplante de hígado del cual nunca se dio a conocer el donante, hecho que lo convirtió en un activo impulsor de la donación de órganos cuya convalecencia fue tan sorprendente y rápida, que anunció que empezaba «una segunda vida». regresando al escenario con su nueva gira, De Vuelta.
En 1987 dejó Hispavox y firmó con Sony Music donde se volvieron a grabar canciones escritas por Roberto Livi como "Toco madera" o "Maravilloso corazón" y para 1991 tuvo un éxito con "Escándalo" en España, América Latina y en Japón, donde alcanzó el número uno. Posteriormente Raphael grabaría la misma canción a dúo con David Bisbal.
A finales de los años 90, volvió a EMI y en 1998 publicó la primera parte de sus recuerdos: "¿Y mañana qué?", desde su infancia hasta su matrimonio en 1972.
En los últimos 5 años, el ídolo de Linares ha realizado varias grabaciones y giras con mucho éxito. En 2018, lanzó RESinphónico, con varios de sus clásicos grabados con sinfónica, con la participación del compositor Lucas Vidal. En 2020, regresó al sello Universal Music y anunció que está trabajando en un nuevo proyecto a propósito de sus 60 años de carrera, lanzando en 2021 Rapahel en concierto 6.0 y en noviembre de 2022 su álbum Victoria,
Su discografía es impresionante sin contar compilaciones y reediciones internacionales con más de 60 grabaciones entre álbumes y sencillos grabados en español, inglés, francés, alemán, portugués, italiano y japonés.
Raphael sigue activo a sus 80 años de vida transmitiendo desde hace casi 60 años de carrera, un repertorio impresionante con baladas, rancheras, tangos y boleros dándole su toque particular cuando las interpreta en directo. Tiene un museo en su honor en su natal Linares y es hijo adoptivo de Madrid.
